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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Solomon Shiferaw Tufa (2012): Estimation of Admixture levels in Brazilian Girolando Crossbred Cattle Using SNP Data.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI), BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 35. UB BOKU obvsg

Datenquelle: ZID Abstracts
Abstract:
Die Schätzung von Levels der Admixtur bei Girolando Rindern in Brasilien mit Hilfe von Hochdurchsatzverfahren genotypisierten single nucleotide polymorphism-Markern (SNPs) war Ziel dieser Arbeit. Girolado ist eine Population, die durch Kreuzung von lokalen Gir mit Holstein Friesian (HF) Rindern entstand. Genotypendaten (ca. 50.000 pro Tier) lagen for 55 Gir, 59 HF und 48 Girolando Tiere vor, mit Hilfe von Pedigree-Information konnten die erwarteten Admixtur-Levels der Girolando-Tiere ermittelt werden. Die Software-Pakete STRUCTURE und ADMIXTURE wurden zur Abschätzung der individuellen Admixtur von Tieren verwendet. Der Fixationsindex (FST) wurde herangezogen, um SNPs mit großer Differenz in Alllelfrequenzen in den reinen Rassen zu ermitteln. Die SNP basierte Admixtur von laut Pedigree 5/8 HF Girolando Tieren betrug (Mittelwert ± Standardabweichung) von 0.658±0.068 bis 0.687±0.068, wenn unterschiedliche Subsets reinrassiger Tiere verwendet wurden. Mit einem reduzierten Satz von SNPs mit FST > 0.25 wurden sehr ähnliche Ergebnisse erzielt (r = 0.994 nis 0.999). Dies zeigt, dass 3.524 informative SNPs (ancestry informative markers, AIMs) für die Schätzung der individuellen Admixtur von Girolando-Tieren ausreichen.

Beurteilende(r): Sölkner Johann
1.Mitwirkender: Meszaros Gabor

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