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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Elisabeth Kirnbauer (2012): Genomische Selektion bei Fleckvieh mit niedriger Markerdichte.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI), BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 76. UB BOKU obvsg FullText

Datenquelle: ZID Abstracts
Abstract:
Die Genotypisierung von Rindern wird üblicherweise mit dem Bovine SNP50 BeadChip durchgeführt, dies ist allerding für die eine große weibliche Population bzw. für Tiere mit einem geringeren Zuchtwert zu teuer. Seit September 2011 bietet die Firma Illumina außerdem einen Chip mit niedriger SNP-Dichte um einen geringeren Preis an. Das Ziel dieser Arbeit war es zu untersuchen, wie sicher die genomische Zuchtwertschätzung mit einem solchen Bovine LD BeadChip durchgeführt werden kann, wenn die fehlenden SNPs imputiert werden. Genotypen wurden von 2123 Simmental Stieren zur Verfügung gestellt, klassifiziert wurden die Stiere nach Geburtsjahr in eine Test- und Referenzgruppe. Konventionell geschätzte Zuchtwerte und deregressierte Zuchtwerte mit hohen Sicherheiten für 7 verschiedene Merkmale wurden als Phänotypen verwendet. Die im 3K und 7K Chip enthaltenen SNPs, wurden aus dem 50K Chip extrahiert. Der 3K und 7K Chip wurden auf die 50K Chip mit der Software AlphaImpute imputiert. BayesB und GBLUP wurde verwendet um genomische Zuchtwerte für die nicht-imputierten Chips zu schätzen. Für die imputierten SNP Sets wurde nur GBLUP verwendet. Für die mit 50K Chip berechneten Korrelationen zwischen genomischen und konventionellen Zuchtwerten wurden Korrelationen zwischen 0,44 – 0,71 mit GBLUP und BayesB ermittelt. Die Ergebnisse, die mit deregressierten Zuchtwerten erzielt wurden, sind in nahezu allen SNP-Panelen für alle Merkmale niedriger als jdie Ergebnisse der direkten Zuchtwerten und lagen für den 50K Chip zwischen 0,15 – 0,64. Der 3K Chip erreichte im Vergleich zum 50K Chip eine Genauigkeit von um die 75% und der 7K Chip von um die 90%. Durch eine Imputation der LD-Chips auf den 50K Chip konnten die erzielten Werte noch weiter verbessert werden. Die imputierten Ergebnisse brachten sowohl für den 3Ki als auch für den 7Ki im Durchschnitt 93% der Genauigkeit des 50K Chips für die direkten Zuchtwerte, weshalb man auf eine große Effizienz der Imputation schließen kann.

Beurteilende(r): Sölkner Johann
1.Mitwirkender: Meszaros Gabor

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