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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Ludwig Geroldinger (2015): A comparison of methods used in genomic selection.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI), BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 51. UB BOKU obvsg FullText

Abstract:

Aufgrund der schnellen Weiterentwicklung biochemischer Methoden ist die Entschlüsselung von DNS Daten in den letzten Jahren sehr günstig geworden. Dadurch hat sich das Sequenzieren von Genomen als effizientes Hilfsmittel in der Pflanzen- und Tierzucht erwiesen. In dieser Arbeit besprechen wir Methoden zur Zuchtwertschätzung, welche auf hochauflösenden Marker-Arrays oder auf voll sequenzierten Genomen basieren. Zuerst werden Modelle präsentiert, welche die Effekte von Genen, basierend auf phänotypischer Information an einem Merkmal, schätzen. Der Hauptunterschied zwischen den Modellen liegt in den unterschiedlichen Annahmen über die genetische Architektur des Merkmals, welche durch die Anzahl und durch die Effektgrößen der zugrundeliegenden Loci gegeben ist. Obwohl sich die Modelle weniger in deren Genauigkeit der Zuchtwertschätzung unterscheiden als man zunächst erwarten würde, konnte ein deutlicher Modell-abhängiger Effekt der genetischen Architektur auf die Genauigkeit der Zuchtwertschätzung festgestellt werden. Bayesianische Modelle treffen genauere Vorhersagen als gemischte Regressionsmodelle, wenn das Merkmal durch wenige Loci bestimmt wird. Falls allerdings das Merkmal von sehr vielen Loci beeinflusst wird, schätzen die Regressionsmodelle den Zuchtwert besser. Schließlich diskutieren wir den Einfluss der Anzahl an Markern, der Heritabilität und der Anzahl der phänotypischen Messungen auf die Genauigkeit der Modelle. Im zweiten Teil der Arbeit, verallgemeinern wir die Modelle auf mehrere Merkmale. Diese Modelle nutzen die vorhandenen phänotypischen Informationen (meist) effektiver, da sie Korrelation zwischen den Merkmalen berücksichtigen. Die Genauigkeit der Zuchtwertvorhersagen profitiert hier besonders, wenn ein Merkmal mit kleiner Heritabilität zu einem Merkmal mit höherer Heritabilität korreliert ist. Auch wenn nur wenige phänotypische Messungen vorliegen, ist der Einsatz von Modellen mit mehreren Merkmalen gegenüber Modellen mit einem Merkmal vorteilhaft.

Beurteilende(r): Sölkner Johann

1.Mitwirkender: Meszaros Gabor