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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Roland Taferner (2016): ANALYSIS OF PLEIOTROPIC EFFECTS IN FLECKVIEH CATTLE.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI), BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 54. UB BOKU obvsg FullText

Datenquelle: ZID Abstracts
Abstract:
Gesundheitsmerkmale sind die wichtigsten Merkmale in der Tierzucht die einen sehr hohen wirtschaftlichen Wert und eine sehr niedrige Heritabilität aufweisen. In dieser Arbeit wurde ein SNP-Marker mit 54.001 SNPs verwendet, um das Genom von 7404 Fleckvieh Stieren zu untersuchen und zur Identifizierung von chromosomalen Regionen im Zusammenhang mit verschiedenen quantitativen Merkmalen, wie Kalbeverlauf, Totgeburt, Fruchtbarkeit und die Nutzungsdauer. Der Datensatz umfasste 41.889 autosomal SNPs nach Durchführung der Qualitätskontrolle und es waren 5673 bis 7384 Tiere involviert, in Abhängigkeit der Merkmalskombinationen. Die Berechnungen wurden mit der Software Cape in R durchgeführt. R/Cape ist ein Verfahren, dass Interaktionsnetzwerke zwischen genetischen Varianten für den Einfluss von genetischen Störungen auf Phänotypen vorhersagen kann. Mehrere pleiotrope Regionen wurden für jede der sechs Merkmalskombinationen entdeckt, die meisten für Kalbeverlauf und Langlebigkeit (11 Regionen), die wenigsten für Totgeburten und Fruchtbarkeit (4 Regionen). Regionen um 9.8Mb, 23-24Mb, 27Mb auf BTA14, 17.5Mb auf BTA 17 und 2-3Mb auf BTA 21 wurden in mehreren Merkmalskombinationen nachgewiesen, wobei für alle Regionen auf BTA 14 entdeckt wurden, außer für eine Merkmalskombination (Fruchtbarkeit-Langlebigkeit). Für Regionen im Genom die mehrfach Vorkommen ist die Hypothese aufgestellt worden, dass funktionale Merkmale besondere Bedeutung haben. Diese Regionen beinhalten Gene die beispielsweise neuronale Entwicklung (KCNQ3) beeinflussen, Wachstum und Geburtsgewicht (XKR4, LYN, SOX17, PLAG1 und andere), Spermatogenese und Fruchtbarkeit (CLGN), Immunantwort (ELMOD2), Thermoregulation (UCP1 und TBC1D9) und das fetale Wachstum (UBE3A) beeinflussen. Diese Studie hilft die genetische Architektur für verschiedene funktionale Merkmale für die Rasse Fleckvieh zu erklären und bietet nützliche Informationen für Zuchtorganisationen und für weitere Arbeiten am Thema Pleiotropie bei Rindern.

Beurteilende(r): Sölkner Johann
1.Mitwirkender: Meszaros Gabor

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