BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Dissertation:
Wilson Nandolo
(2019):
Prevalence of copy number variations and runs of homozygosity in cattle and goats.
Dissertation - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI),
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 385.
UB BOKU
obvsg
FullText
- Abstract:
- Drei Studien wurden durchgeführt, um die Prävalenz von Homozygotie-Läufen (ROH) und Variationen der Kopienzahl (CNV) in Ziegen- und Rindergenomen zu analysieren. Zunächst untersuchten wir mit Illumina BovineHD BeadChip Single Nucleotide die Möglichkeit, dass einige ROH-Inseln (die weithin als Signaturen der Selektion behandelt werden) Artefakte der Deckungslücken und des Vorhandenseins von CNV bei drei österreichischen Rinderrassen sind: Brown Swiss, Tyrol Grey und Pinzgauer Polymorphismus (SNP) -Daten. Die Studie zeigte, dass einige ROH-Inseln auf das Vorhandensein von CNVR zurückzuführen waren, und es wurde empfohlen, die Interpretation von ROH-Inseln mit Vorsicht vorzunehmen. Zweitens haben wir das Ausmaß der Inzucht bei afrikanischen Ziegen mithilfe von Illumina-50-K-SNP-Daten mithilfe eines Hidden-Markov-Modells bestimmt, das das Inzuchtniveau und -alter sowohl auf lokaler (Marker) als auch auf globaler Ebene (FG) berechnet. ROH-Segmente, die unter Verwendung des Viterbi-Algorithmus basierend auf den lokalen Inzuchtniveaus erkannt wurden, führten zu ROH-basierten Inzuchtkoeffizienten für alle ROH (FROH) und für ROH, die länger als 2 MB sind (FROH> 2 MB). Alle drei Inzuchtmetriken variierten stark zwischen den Rassen, mit einem Gesamtmittelwert von 0,0408, 0,0370 und 0,0691 und einem Median von 0,0125, 0,0098 und 0,0366 für FROH, FROH> 2Mb bzw. FG. Wir haben gezeigt, dass das Inzuchtniveau bei afrikanischen Ziegen niedrig bis mäßig ist, wobei einige Rassen neuere Inzucht aufweisen als andere. Zuletzt haben wir CNV unter Verwendung von Daten der gesamten Genomsequenz (WGS) nachgewiesen. Bei allen Tieren wurden 6.231 globale CNVR gefunden, die 59,2 Mb (2,4%) des Ziegengenoms abdecken. Insgesamt trugen die drei Studien zum wachsenden Wissen über die Variation und Struktur von Rinder- und Ziegengenomen bei.
- Betreuer: Sölkner Johann
- 1. Berater: Wurzinger Maria
- 2. Berater: Meszaros Gabor