BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Oliver Putz
(2020):
Development of a dCas9-ChIP method for targeted enrichment of genomic regions in Chinese hamster ovary cells.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Tierische Zelltechnologie und Systembiologie,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 71.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Die Säugetierproduktionssysteme wie zum Beispiel die Ovar Zellen des chinesischen Hamsters (engl. Chinese hamster ovary (CHO)) haben in den letzten Jahrzehnten einen immensen Anstieg auf dem Markt verzeichnet, da sie fähig sind komplexe und aufwendige Biopharmazeutika mit menschenähnlichen molekularen Strukturen herzustellen. Obwohl CHO Zellen weltweit für die Medikamentenherstellung benutzt werden, sind ihre biochemischen Abläufe und ihre Genetik noch nicht zur Gänze aufgedeckt. Das Referenz Genom enthält immer noch Lücken, da die herkömmlichen Next Generation Sequencing Methoden ihre Anwendungsgrenzen haben. In dieser Studie wird eine auf Chromatin Immunpräzipitation (engl. Chromatin immunoprecipitation (ChIP)) basierende Methode genutzt, um spezifische genomische Regionen anzureichern, die in weiterer Folge sequenziert werden können. Ein deaktiviertes clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) zugehöriges Protein 9 (CRISPR-dCas9) wurde mit Chromatin Immunpräzipitation (CHIP) benutzt, um endogene sowie exogene Promoter Regionen anzuvisieren und zu gewinnen. Die Anreicherung dieser Fragmente wurde mithilfe von quantitativer Polymerase-Kettenreaktion (engl. quantitative polymerase chain reaction (qPCR)) analysiert und deren Sequenzen könnten in weiterer Folge mit Nanopore-Sequenzierung bestimmt werden. Das Experiment konnte aufgrund der Coronaviruspandemie nicht beendet werden, jedoch wurden die endogenen und exogenen Promoter Regionen erfolgreich angereichert. Mit dieser Methode könnten bekannte genomische Sequenzen in der unmittelbaren Umgebung der Lücken im Referenz Genom angereichert werden, um die Sequenzen der Lücken zu bestimmen. Außerdem könnte diese Methode die Position von Integrationsstellen von Expressionsvektoren im Genom feststellen, ohne teure Gesamt-Genom-Sequenzierung (engl. Whole Genome Sequencing) oder Ortsspezifische Komplett-Sequenzierung (engl. Targeted Locus Amplification).
- Beurteilende(r): Borth Nicole
- 1.Mitwirkender: Marx Nicolas