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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Yosef Amsalu Abitew (2022): Genetic map of Fleckvieh cattle.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI), BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 35. UB BOKU obvsg FullText

Datenquelle: ZID Abstracts
Abstract:
Erstellung einer genetischen Karte für das Fleckvieh-Rind In dieser Masterarbeit haben wir eine genomische Karte des Fleckviehs erstellt, wobei wir ~39K SNPs und 114228 Meiose-Ereignisse von männlichen Eltern und 42706 Meiosen von weiblichen Tieren verwendet haben. Die meiotische Rekombination ist eine Quelle genetischer Variation, da sie genetisches Material zwischen Schwesterchromatiden verschiebt und dabei das Kopplungsungleichgewicht aufbricht. Es ist wichtig zu untersuchen, wie die Rekombination zwischen Individuen und Rassen variiert, um zu verstehen, wie eine Population auf Selektion reagieren würde. Wir haben Rekombinationshäufigkeiten zwischen benachbarten Markern verwendet, um eine genetische Karte für Fleckvieh zu erstellen. Wir schätzten die Rekombinationsraten anhand von insgesamt 4.600.610 cross-overs. Die durchschnittliche genomweite Rekombinationsrate betrug 1,04 centiMorgan pro Megabase und 0,92 cM/Mb bei einer Länge von 26,05 Morgan bzw. 23,16 Morgan bei männlichen bzw. weiblichen Tieren. Längere Chromosomen wiesen niedrigere Rekombinationsraten auf und vice versa. Bei den männlichen Tieren wurde eine höhere Anzahl von Rekombinationen beobachtet als bei weiblichen, ähnlich wie bei Schafen, aber im Gegensatz zu vielen anderen Säugetieren. Die genetische Karte zeigte eine ausgeprägtere Rekombinationsrate um die Endposition jedes Autosoms bei Bullen, während bei den Kühen ein allmählicher Rückgang um dieselbe Position beobachtet wurde. Mithilfe einer genomweiten Assoziationsstudie identifizierten wir zwei zuvor publizierte Kandidatengene (REC8 & RNF212) auf Chromosom 6 und 10. Das stärkste Signal wurde auf Chromosom 19 in der Nähe des Gens SCO1 gefunden, das bisher nicht mit der Rekombinationsrate assoziiert war. Die genomweite Rekombinationsrate ist ein stark vererbbares Merkmal mit einer Chip-Heritabilität von 50 %. Diese Schätzung ist höher als jene früherer Studien mit anderen Rassen. Die in dieser Arbeit erstellte genetische Karte für Fleckvieh wird für viele künftige Forschungsarbeiten im Zusammenhang mit der genetischen Vielfalt und der genomweiten Assoziation von Nutzen sein.

Beurteilende*r: Sölkner Johann
1.Mitwirkender: Meszaros Gabor

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