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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Chang Xu (2022): Predicting effective population size based on linkage disequilibrium in African chicken.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI), BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 54. UB BOKU obvsg

Datenquelle: ZID Abstracts
Abstract:
Das afrikanische Huhn ist ein wichtiger Nutztierbestand und wird auf dem gesamten Kontinent gehalten. Es hat eine verworrene demografische Geschichte mit zahlreichen Einführungen auf dem Kontinent und innerhalb des Kontinents. Das Hauptziel dieser Arbeit war es, die Entwicklung der effektiven Populationsgröße von äthiopischen und nigerianischen Hühnern vorherzusagen. Das Material umfasst Ganzgenom-Sequenzdaten von 234 äthiopischen und 119 nigerianischen Hühnerproben. Die SNPs wurden anhand der 50K-Dichte gefiltert. SNPs mit einer Minor-Allel-Häufigkeit unter 0,01 und einer Missing-Call-Rate über 0,1 wurden herausgefiltert. Die SNeP-Software und ein manuelles Skript wurden zur Schätzung der effektiven Populationsgröße verwendet. Die Hauptkomponentenanalyse und die Fst-Analyse mit PLINK sowie die Vermischungsanalyse mit ADMIXTURE1.3 wurden durchgeführt, um die Populationsstruktur zu verstehen. Migrationsereignisse wurden mit TreeMix v1.1 vorhergesagt. Die vorhergesagten effektiven Populationsgrößen folgen für beide Populationen erwartungsgemäß einem steigenden Trend, wenn man in die fernere Vergangenheit blickt. Die effektive Populationsgröße steigt in der äthiopischen Hühnerpopulation von 946 (vor 19 Generationen) auf 5325 (vor 700 Generationen) und in der nigerianischen Hühnerpopulation von 668 auf 4162. Die effektive Populationsgröße ist in der nigerianischen Hühnerpopulation im Vergleich zur äthiopischen Hühnerpopulation generell niedriger, aber der Unterschied nimmt ab, je weiter man in die jüngere Vergangenheit zurückblickt. Die Subpopulation Hugub wurde von der äthiopischen Hühnerpopulation getrennt, während die nigerianische Hühnerpopulation nicht stratifiziert war. Für das äthiopische Huhn wurden vier Migrationsereignisse vorhergesagt, für das nigerianische Huhn eines. Diese Studie kann weitere Beweise für die Entschlüsselung der Populationsgeschichte afrikanischer Hühner liefern und möglicherweise zu lokalen Hühnerzucht- und Erhaltungsprogrammen beitragen.

Beurteilende*r: Meszaros Gabor
1.Mitwirkender: Sölkner Johann

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