BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Bernd Fuhrmann
(2007):
Microarray analysis of murine Tyk2-knockout peritoneal macrophages treated with LPS.
Diplomarbeit / Masterarbeit,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 50.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Eine Datenbank wurde erstellt mit dem Ziel Genexpressionsdaten zu analysieren. Die Daten stammten von einem Microarray-Experiment, in dem die Reaktion von peritonealen Makrophagen auf Lipopolysaccharid (LPS) Behandlung zwischen Wildtyp- und Tyk2-knockout-Mäusen verglichen wurde. Dabei wurde für jedes Gen ein lineares Regressionsmodell verwendet, um die Expressionsdaten mit den Effekten für Genotyp (Wildtyp vs. Tyk2-kockout), LPS-Behandlung (behandelt vs. unbehandelt) und Wechselwirkung zwischen Genotyp und LPS-Behandlung zu erklären. Die Datenbank enthielt auch Sequenzdaten und Annotation von zwischen Mensch und Maus orthologen Genen, die dazu verwendet wurden, konservierte, vermutlich funkionelle regulatorische Motive in der 5' upstream Region und 3' untranslatierten Region mittels "phylogenetic footprinting" zu finden. Diese Motive entsprechen vermutlichen Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen (in 5' upstream) und microRNA Bindungsstellen (in 3' untranslatierter Region). Zusätzlich wurden Daten der Gene Ontology (GO) Datenbank integriert, in der Gene bezüglich drei Prinzipien klassifiziert sind ("biologischer Prozess", "molekulare Funktion" und "zelluläre Komponente"). Die Ergebnisse des Regressionsmodells wurden mit den Daten der Motifsuche und der GO-Datenbank verküpft, um für die drei Effekte signifikante Transkriptionsfaktoren, microRNAs und GO-Klassen zu identifizieren. Alle getesteten Kategorien zeigten einen höheren Anteil an signifikanten Ergebnissen als zufällig erwartet. Dazu zählten sowohl Gruppen, von denen eine Reaktion auf die angewandte Behandlung bereits bekannt ist, als auch welche, die bisher nicht damit in Verbindung gebracht wurden.
- Beurteilende(r):