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Gewählte Dissertation:
Souzan Sanoussi
(2012):
DEVELOPMENT OF MICROARRAYS FOR THE MOLECULAR TYPING OF SALMONELLA ENTERICA SSP. ENTERICA.
Dissertation - Institut für Bodenforschung (IBF),
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 131.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Die Serotypisierung von Salmonella enterica erfolgt über immunologische Verfahren. Anschließend daran wird für die weitere Subtypisierung meist eine Phagentypisierung bzw. verschiedene molekularbiologische Methoden vorgenommen. Konventionelle Typisierungsverfahren sind Zeit aufwändig und erfordern experimentelle Routine und Erfahrung. Ein weiterer Nachteil liegt in der Verfügbarkeit von geeigneten Antikörpern und Phagen sowie in deren Herstellung und Konservierung. Daher werden zunehmends molekularbiologische Verfahren in der Typisierung von Pathogenen eingesetzt. Am Austrian Institute of Technology (AIT) wurde ein Microarray zur Serotypisierung von Salmonellen, der auf zwei ‘housekeeping’ Genen und zwei Virulenzmarkern (atpD, gyrB, fliC and fljB), entwickelt. Dieser Array wurde im Rahmen dieser Dissertation technologisch verbessert, einerseits durch die Entwicklung einer Multiplex-PCR, bei der alle vier Markergene parallel und in einem Assay amplifiziert werden können, und andererseits durch die Integration eines alternative Markierungsverfahren (SSELO, sequence specific end labeling of oligonucleotides). Dadurch wurden die Analyse wesentlich vereinfacht und die Kosten reduziert. Der zweite Teil der Dissertation widmet sich der molekularen Phagentypisierung. Eine Typisierungsmethode, basierend auf der Diversity Arrays Technology (DArT), wurde hinsichtlich ihrer Eignung für die Phagentypisierung getestet. Diese Genom-basierte Technologie dient zur Identifizierung von geeigneten genomischen Markern und wurde für die Analyse einer breiten Palette von Salmonella enterica serovar Enteritidis Stämmen eingesetzt. Die Dissertation zeigt, wie Microarray-basierte Methoden zur Typisierung von Salmonellen eingesetzt werden können und damit wertvolle Werkzeuge darstellen um epidemiologische Fragestellungen zu beantworten.
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