BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Maryna Löwe
(2017):
Characterization of protein-ligand interactions by biophysical methods.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Biotechnologie,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 50.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Das tiefgreifende Verständnis der Ligandenbindung an ein Protein ist für die Wirkstoffforschung und -entwicklung von zentralem Interesse. In den letzten Jahrzehnten hat sich die Oberflächenplasmonresonanz (SPR) zu einer biophysikalischen Schlüsseltechnik für die Untersuchungen von Protein-Ligand-Wechselwirkungen entwickelt. Leider haben SPR-basierte Biosensoren starke Einschränkungen für die Analyse von Proteinen, die die Konformationsänderungen bei der Ligandenbindung aufweisen. Surface acoustic wave (SAW) Biosensor ist eine junge Technik, die wie SPR eine Echtzeitbestimmung der Bindungskinetik erlaubt, aber auch den Nachweis von bindungsinduzierten Konformationsveränderungen durch Proteine. Dieses Instrument verwendet ein biophysikalisches Prinzip, das sich völlig von SPR unterscheidet und erlaubt SAW, zwei verschiedene Aspekte gleichzeitig zu charakterisieren – Massenzunahme an der Chipoberfläche sowie die Veränderungen der Protein-Steifigkeit bei der Ligandenbindung. Die Performance beider Instrumente in Bezug auf Kd-Bestimmungen - Seismos NT.X (SAW) und Biacore T200 (SPR) - wurde mit mehreren Testproteinen verglichen. Darüber hinaus wurde der Einfluss von organischem Lösungsmittel (DMSO) auf die SAW-Datenqualität ausgewertet. Im Gegensatz zu SPR kann SAW auch Informationen über Proteinstrukturveränderungen liefern, die bei der Ligandenbindung induziert werden. Zwei Testproteine, die je zwei getrennte Nukleotidbindungsstellen aufweisen, wurden zur Bewertung von SAW-Amplitudensignalen verwendet - diese liefern Informationen über die bindungsinduzierten Konformationsänderungen . Die Ergebnisse wurden mit den Daten verglichen, die durch limitierte Proteolyse in Kombination mit Massenspektrometrie erhalten wurden.
- Beurteilende(r): Kunert Renate