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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:

Radu Chirovici (2018): On using iterative mapping algorithms to sequence the chloroplast genome of Semele androgyna: an overview of methods and results.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Integrative Naturschutzforschung, BOKU-Universität für Bodenkultur, pp 51. UB BOKU obvsg FullText

Datenquelle: ZID Abstracts
Abstract:
Die Arbeit beschäftigt sich mit den Herausforderungen des modernen Genomzusammenführung. Im einleitenden Teil werden die Probleme, die auf den erhöhten Herausforderungen beruhen, beschrieben, und Verbesserungsvorschläge erstellt. Im Verlauf der Arbeit wurde der Fokus auf Chloroplasten und wie ihr Genom aus low-coverage Sequenzierungs libraries zusammengesetzt werden kann. Das Chloroplasten Genom wird in vielen Anwendungen in der molekularen Ökologie und Biodiversitätsforschung, wie DNA-Barcoding, Phylogenetik und Populationsgenetik verwendet. Die praktischen Anwendungen reichen von Forst- und Naturschutzplänen bis hin zur Naturschutzpolitik. Ein Schwerpunkt wurde auf leicht verfügbare, einfach zu verwendende Tools gelegt. Ein Arbeitsablauf wurde implementiert, der mit jedem Assemblierungs- oder Barcodeprojekt verbessert und erweitert werden kann. Dieser Arbeitsablauf wurde anschließend in mappy angewendet, einem Programm das entwickelt wurde wegen der Notwendigkeit den gesamten Prozess zu vereinfachen und eine Basis für zukünftige Verbesserungen in lokalen, kleinen Projekten zu schaffen. NOVOplasty und MITObim geben aufgrund der Anordnung des „inverted repeats“ kein Contig mit einer korrekten Anordnugn der Genee aus. Dieses Problem wurde überwunden, indem die verschiedenen Regionen des cp-Genoms (Einzelkopierregionen und inverted repeats) getrennt ausgegeben werden. Dafür müssen die Verbindungen zwischen diesen Regionen identifiziert werden. In dieser Arbeit wurde getestet, ob Coverage dabei als Indikator verwendet werden kann. Um zu überprüfen, ob die „Sequencing debth“ in Plastidengenomen ein Muster in der Genomstruktur ergibt, wurden Daten extrahiert und Ausreisser in Coverage Tabellen mit dem existierenden veröffentlichten Genom von Panax Ginseng Damaya verglichen. Die Ergebnisse zeigen, dass Coverage in zusammengesetzten Bait Contigs konsistent mit den Verbindungen der vier Abschnitt der von Chloroplasten sind.

Beurteilende(r): Meimberg Harald

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