BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Martina Sattlecker
(2008):
Q-Line: An Open-source Qualitative Data Acquisition and Analysis Pipeline for Agilent Microarray Chips.
Diplomarbeit / Masterarbeit,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 95.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Microarrays sind eine bedeutende Technik zur Analyse des Genoms und der differentiellen Genexpression. Bei der Erstellung von sogenannten Genexpressionsprofilen werden Informationen über Tausende von Genen gewonnen, was zu einer enormen Datenmenge für nur einen einzigen Chip führt. Aus diesem Grund ist eine computerunterstützte Datenauswertung notwendig. Für diesen Zweck sind mehrere Computerprogramme erhältlich, wobei die meisten davon kommerziell erhältlich und deswegen mit hohen Kosten verbunden sind. Weiters ist es auch nicht nachvollziebar was im Hintergurnd dieser Programme abläuft. Bestehende open-source Programme, wie zum Beispiel R, können nur von Benutzern mit ausreichend Programmiererfahrung verwendet werden. Q-Line wurde als open-source Software entwickelt und erlaubt eine hohe Tranparenz und Flexibilität für den Benutzer. In diesem Sinne ermöglicht Q-Line alle Schritte der Microarrayanalyse, beginnend mit Bildverarbeitung über Normalisierung und Durchführung statistischer Tests in einer hoch automatisierten Weise. Die Wahl der Normalisierungsmethode hat einen wesentlichen Einfluss auf das Resultat. Um die bestgeeignetste Methode für ein gegebenes Datenset zu finden wurde ein Algorithmus zur qualitativen Bewertung von Normalisierungsmethoden entwickelt und in Q-Line integriert. Demzufolge werden die unterschiedlichen Methoden mit einem Score versehen. Der resultierende Score bietet dem Benutzer eine Hilfestellung bei der Wahl der bestgeeignetsten Normalisierungsmethode. Die aus der Datenverarbeitung resultierenden Genlisten werden zusätzlich mit externen online Resourcen verlinked. Darunter befinden sich Datenbanken wie PubMed, GeneBank oder auch KEGG.
- Beurteilende(r): Bayer Karl