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Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Markus Tomek
(2011):
Structural and biochemical studies between the T-cell receptor p14 and MHC class I complexes loaded with the LCMV derived antigen gp33
and
The structure and function of the catalytic domain of Streptococcus pneumoniae major autolysin LytA.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Angewandte Mikrobiologie (IAM),
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 90.
UB BOKU
obvsg
FullText
- Abstract:
- Zwei Projekte wurden unabhängig voneinander zum Verfassen dieser Diplomarbeit durchgenommen. Das erste Projekt behandelte die Fragestellung wie der T-Zell-Rezeptor (TCR) p14 die mit Peptiden oder designten Peptiden (APL) geladenen Haupthistokompatibilitätskomplex (MHC Klasse 1) Moleküle, erkennt. Ausgehend vom lymphozytären-Choriomeningitis-Virus Antigen gp33 und an vierter Aminosäureposition veränderten Peptiden (gp33-Y4F, gp33-Y4S und gp33-Y4A) wurden Bindungsaffinitäten der T-Zell Interaktionen untersucht und thermodynamische Signaturen dieser erstellt. Bindungsaffinitäten wurden dabei auf 8.9 µM für gp33 und 54.5 µM für gp33-Y4A gemessen. Keine Bindung trat bei gp33-Y4F oder gp33-Y4S auf. Die thermodynamische Signatur war enthalpisch getrieben bei der Erkennung von gp33, wohingegen eine entropisch getriebene Erkennung von gp33-Y4A vorlag. Die unterschiedliche Erkennung von gp33 und gp33-Y4A kann strukturell erklärt werden, die Nichterkennung von gp33-Y4F und gp33-Y4S, welche nur kleine strukturelle Veränderungen im Gegensatz zur Wildtypenform gp33 aufweisen, bleibt ungeklärt. Während des zweiten Projektes wurde die Kristallstruktur der katalytischen Untereinheit von Streptococcus pneumoniae Autolysin LytA aufgelöst und deren Funktionsweise beschrieben.Die katalytische Untereinheit von Streptococcus pneumoniae Autolysin LytA ist eine Amidase, welche Peptidoglycanstränge zwischen aufbrechen kann. Kristalle bildeten sich in 0.1 M HEPES pH = 6.8-7.1, 1.0 M Lithiumchlorid und 9-11 % PEG 6000 und konnten bis zu einer Auflösung von 1.0 Å gebeugt werden. Die so erhaltene Kristallstruktur zeigte eine typische α/β Hydrolase Faltung mit sechs β-Faltblättern und sieben umgebenden α-Helices. Die konservierte Peptidoglycanbindungsstelle beinhaltet ein Zinkatom, weiters konnte ein Mechanismus, der zum Aufbrechen des Peptidoglycanstranges führt, vorgeschlagen werden. Die Position der katalytischen Untereinheit in Relation zum Gesamtprotein sowie die molekularen und strukturellen Vorgänge, die zur Aktivierung des Proteins führen, bleiben vorerst unbekannt. Sollte die Funktionsweise der Aktivierung des Proteins in Erfahrung gebracht werden, könnte dieses Wissen in die Entwicklung von neuen antibakteriellen Medikamenten und Impfstoffen führen.
- Beurteilende(r): Rüker Florian