BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Jutamat Klinsoda
(2012):
Improved reproducibility of (GTG)5 rep-PCR typing of Listeria monocytogenes isolates.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Lebensmittelwissenschaften,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 120.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Typisierungsverfahren sind wesentlicher Bestandteil bei der epidemiologischen Untersuchung und werden vermehrt auch beim Monitoring von lebensmittelrelevanten Pathogenen eingesetzt. Im Rahmen dieser Arbeit wurden 566 Listerienisolate unterschiedlicher Herkunft mittels rep-PCR (Primer (GTG)5) typisiert. Weitere 36 Listeria sp. Referenzstämme unterschiedlicher Herkunft und Serotyps wurden herangezogen, um die Typisierbarkeit der Stämme einerseits und die Diskriminierungstiefe der rep-PCR Methodik andererseits zu bewerten. Der Einfluss unterschiedlicher Methodenparameter auf die Reproduzierbarkeit (R) wurde im Rahmen dieser Studie in Vorversuchen abgeklärt. Anschließend wurden sämtliche Isolate mit dem verbesserten Verfahren zweifach analysiert. Für die Evaluierung der Ergebnisse wurden die Reproduzierbarkeit (R) und der Diversitätsindex nach Simpson (SID) herangezogen. Die Ergebnisse der rep-PCR Analysen mittels (GTG)5 Primersystem zeigten, dass mehr als 99% der untersuchten Listerienisolate reproduzierbar typisiert werden konnten (R > 0.95). Eine leichte Schwankung in der Intensität der Banden wurde registriert und im Zuge der Software-basierten Auswertung (Bionumerics V6.6) berücksichtigt. Die Evaluierung der Methode machte deutlich, dass der Einsatz unterschiedlicher Polymerasen zu erheblichen Unterschieden in den erhaltenen Bandenmustern führt. Alle anderen geprüften Parameter zeigten im Rahmen dieser Studie keinen bedeutenden Einfluss. Bei der Beschreibung von rep-PCR Typing Verfahren mittels (GTG)5 Primer kommt daher der Definition der eingesetzten DNA Polymerase besonders große Bedeutung zu. Das schnelle und kostengünstige rep-PCR Protokoll kann als geeignete Alternative zur PFGE bei der Typisierung von Listerienisolaten im Rahmen von Routinekontrollen angesehen werden. Weitere Vorteile liegen in der allgemeinen Verfügbarkeit der notwendigen Laborausrüstung und der Anwendbarkeit für ein breites Spektrum an Bakterienarten.
- Beurteilende(r): Kneifel Wolfgang
- 1.Mitwirkender: Domig Konrad