BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Jun Wang
(2013):
Entwicklung eines Nachweissystems basierend auf Mikrosatelliten zur Differenzierung von Gerstensorten.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Lebensmittelwissenschaften,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 108.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Um Gerstensorten zu differenzieren, können morphologische Methode u. SDS-PAGE (von UPOV empfohlen) verwendet werden. Aber wenn die Gerstensorten nahe verwandt sind, lassen sich diese anhand der Hordein-Fraktionen der SDS-PAGE nicht unterscheiden (UPOV TG/19/10 Gerste), z.B. Vicky & Bojos und Fridericus & Sabatina. Ziel dieser Arbeit war es, eine alternative molekularbiologische Methode zur SDS-PAGE zu entwickeln. In dieser Arbeit wurden 15 nicht eindeutig mit der SDS-PAGE unterscheidbare Gerstensorten ausgewählt: Vicky, Bojos, Breunskylie, Sunshine, Eufora, Fridericus, Sabatina, Bodega, Eureka, Veturia, Plasma, Elfina, Yoole, Melodica und Yatzy. Mikrosatelliten (SSR, Simple Sequence Repeats), ein molekulares Markersystem, welche einen hohen Polymorphiegrad aufweisen, wurden zu diesem Zwecke verwendet. Neben normalen Primern - in dieser Arbeit Mikrosatelliten - wurden noch ein M13-Primer mit dem speziellen Farbstoff IRD800 bzw. DY782 verwendet, welcher über die PCR an die gewünschten Produkte gekoppelt wird. So sind die erhaltenen DNA-Fragmente markiert und können mittels einem LI-COR 4300 DNA Analyzer Gerät visualisiert bzw. aufgetrennt werden, wobei das Prinzip der Auftrennung identisch einer normalen Elektrophorese ist, aber im Gegensatz dazu bis zu 1 bp-Unterschiede aufzeigen kann. Alle 17 ausgewählten Mikrosatelliten wurden für die oben genannten 15 Proben separat getestet. Am Schluss wurden 4 Mikrosatellitensysteme zu einem Quadruplex zusammengefasst, und für diesen Quadruplex wurde ein Touchdown-PCR-Programm entwickelt, wobei die optimalen Reaktionsbedingungen für jeden Mikrosatelliten möglichst sicher gestellt wurden. Aufgrund dieser Methode ist es möglich, jeder Sorte einen charakteristischen Fingerabdruck zuzuordnen. So wurde eine alternative Methode zur SDS-PAGE entwickelt, die für die Sortendifferenzierung geeignet ist. Weitere Anwendungen dieser Methode finden sich auch in Fragen der Sortenreinheitsprüfung und sowie Sortenechtheitsprüfung.
- Beurteilende(r): Mayer Helmut