BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Jochen Seewald
(2015):
Differenzierung von Erdbeersorten mittels molekularbiologischer Methoden.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Lebensmittelwissenschaften,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 124.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Diese Arbeit hatte zum Ziel, 7 Erdbeersorten mithilfe moderner molekularbiologischer Verfahren voneinander zu unterscheiden. Für diesen besonderen Anwendungsfall sollte ein geeignetes DNA-Extraktionsprotokoll etabliert werden. Es wurden der kommerzielle DNeasy Plant Kit und ein modifiziertes CTAB-Verfahren getestet und miteinander verglichen. Beide Methoden lieferten DNA hoher Reinheit und nahezu identische Amplifikate, sowohl in Zahl als auch Größe. Die DNA-Konzentration war beim modifizierten CTAB-Verfahren zwar höher, im Ergebnis aber irrelevant und so wurde im weiteren Verlauf der DNeasy Plant Kit eingesetzt. Um die Zuverlässigkeit der Ergebnisse sicherstellen zu können, waren zahlreiche Vorversuche nötig. Die optimale Probenahmestelle wurde durch die Kombination empirischer und sachlogischer Aspekte ermittelt. Um die Sortenreinheit der vorliegenden Erdbeerproben zu verifizieren, wurden von jeder Sorte 5 DNA-Extrakte vom Fruchtfleisch genommen, und die erhaltenen Bandenmuster verglichen. Nach Optimierung der Bedingungen für Extraktion sowie PCR, konnte eine Datenbank für RAPD-Primer aufgebaut werden, wobei aus 79 Zufallsprimern die 14 Besten ausgesucht wurden. Sie ermöglichen reproduzierbar eine Sortendifferenzierung, zwei Primer unterscheiden sogar alle Sorten. Das Verfahren zeigt sich robust was Wahl des Operators, Extraktionsverfahrens und Zeitpunkt der Probenahme betrifft. Um auch interlaboratorisch reproduzierbare Ergebnisse gewährleisten zu können, wurden zusätzlich 42 Erdbeer-spezifische SSR-Marker untersucht. Dafür sollte eine geeignete Trennmethode evaluiert und die Reaktionsbedingungen der PCR optimiert werden. Schlussendlich gelang eine zufriedenstellende Trennung mit der Phor Sieving-Agarose und modifzierten Elektrophoresebedingungen. Auch hier wurde eine Primerdatenbank aufgebaut. CFVCT032 ermöglicht die Unterscheidung aller Sorten, aber auch Kombinationen von verschiedenen Markern mit geringerem Informationsgehalt können sinnvoll sein.
- Beurteilende(r): Mayer Helmut