BOKU - Universität für Bodenkultur Wien - Forschungsinformationssystem
Gewählte Diplomarbeit / Masterarbeit:
Nikolaus Zwickl
(2018):
Comparative Genomics of Tannerella Strains.
Diplomarbeit / Masterarbeit - Institut für Biotechnologie,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 90.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Der bakteriellen Spezies Tannerella forsythia wird eine bisher nur teilweise erforschte Rolle in der polymikrobiellen Erkrankung Periodontitis zugeschrieben. Bisherige Charakterisierungen ihrer Virulenzfaktoren basieren großteils auf Experimenten mit einem einzigen Stamm, ATCC 43037. Genomsequenzen von ATCC 43037 sowie von sechs anderen Stämmen waren zu Beginn dieser Arbeit verfügbar. Weiters wurde eine durchgängige Genomsequenz der am nähesten verwandten Spezies, Tannerella BU063, unlängst publiziert. Letztere Spezies wird nicht mit der Krankheit assoziiert. In dieser Arbeit wurden die genannten Daten für Genomvergleiche innerhalb der T. forsythia Spezies sowie zu T. BU063 genutzt. Strukturelle Vergleiche wurden auf Basis der kompletten Genome angestellt, für funktionelle Vergleiche wurden unter anderem orthologe Beziehungen zwischen den Gensets der einzelnen Genome ermittelt und analysiert. Zusätzlich wurde das Genomassembly für den Referenzstamm ATCC 43037 durch DNA-Sequenzierung einer mate-pair library hinsichtlich seiner Fragmentierung verbessert. Die Ergebnisse weisen darauf hin, dass die bisher als Virulenzfaktoren vorgeschlagenen Gene mit wenigen Ausnahmen innerhalb der Spezies konserviert sind. Zusätzlich wurden die genetischen Grundlagen für eine hinsichtlich Virulenz relevante Glykosylierungsmodifikation in T. forsythia im Detail verglichen und fehlende Bausteine des Glykosylierungsstoffwechsels gesucht. Basierend auf Vergleichen zu BU063 wurden genomische Regionen in T. forsythia vorgeschlagen, die möglicherweise weitere Virulenzgene enthalten. Analysen zur Verwendung des genetischen Codes zeigten in beiden Genomen ein Präferenz für Codons die mit C oder G enden, wobei die ungleichmäßige Verwendung synonymer Codons möglicherweise durch weitere Faktoren bestimmt wird. Zusammenfassend wurde das genomische Wissens zu T. forsythia um vielerlei Aspekte erweitert, die mögliche Ansatzpunkte für weitere Forschung darstellen.
- Beurteilende(r): Himmelbauer Heinz
- 1.Mitwirkender: Dohm Juliane