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Gewählte Dissertation:
Inmaculada Hernández-López
(2018):
Epigenomic and transcriptomic characterization of Chinese Hamster
Ovary Cells in response to evolutionary pressures and over time.
Dissertation - Institut für Biotechnologie,
BOKU-Universität für Bodenkultur,
pp 211.
UB BOKU
obvsg
- Abstract:
- Trotz der Bedeutsamkeit von CHO Zellen (Chinese Hamster Ovary Cells) für die Produktion rekombinanter Proteine ist über die molekularen und genregulatorischen Mechanismen, die deren zellulären Phänotypen steuern nur wenig bekannt. Wir analysieren die Bedeutung von genetischen und epigenetischen Modifikationen in der Ausformung unterschiedlicher Phänotypen, dabei stellen wir im Folgenden ein Kompendium epigenetischer und genomischer Datensätze mehrerer CHO-Zelllinen vor. Diese wurden bei unterschiedlichen Zellkulturbedingungen sowie über längere Inkubationszeiträume erstellt. Zusätzlich wurden kurzfristige zelluläre Reaktionen während einer Batch-Kultur auf der Ebene der DNA-Methylierung, der Histon Modifizierungen sowie der Gen-Expression analysiert. Unsere Ergebnisse lassen vermuten, dass die Entstehung zelluläre Phänotypen hauptsächlich durch epigenetische Variationen anstatt genetischer Veränderungen vorangetrieben wird. Während die Inkubation in Batch-Kultur den geringsten Effekt auf differenzphänotypenielle Methylierungs-Muster hat, haben Anpassungen an unterschiedliche Wachstums / Zellkultur-Bedingungen sowie die Selektion eines hoch-produktiven Sub-Klons stark differenzierte Methylierungs-Muster zur Folge. Dies zeigt, dass DNA Methylierungs-Muster größtenteils an Tochterzellen weitergegeben werden könnten. Unter schwindender Nährstoff-Verfügbarkeit im Verlauf einer Batch-Kultur zeigt die Analyse von Histone-Modifikationen außerdem, dass hoch aktive transcriptorisch verwandte Modifikationen einer andauernden Anpassung unterliegen, während reprimierte Regionen sich kaum verändern. Dies weist darauf hin, dass eine kurzfristige Regulation der Transkription hauptsächlich über Anpasssungen in den Histone-Modifikationen kontrolliert wird. Aus Lichte der andauernden Verbesserung der industriellen Bioprozesstechnologie könnte dieser ausführliche Datensatz zur Entwicklung neuer Ansätze in der epigenetischen Kontrolle und Manipulation zellulärer Phänotypen führen.
- Betreuer: Borth Nicole
- 1. Berater: Grillari Johannes
- 2. Berater: